Tên ông được đặt cho nhiều đường phố trên khắp Việt Nam như tại: Hà Nội có phố Lãn Ông (từ phố Hàng Đường đến phố Thuốc Bắc); thành phố Uông Bí (từ phố Tuệ Tĩnh đến phố Hữu Nghị), thành phố Hồ Chí Mình (từ đường Võ Văn Kiệt đến Học Lạc),...
Tháng 6 năm 2011, Thủ tướng Chính phủ đã chính thức cho phép Học viện Quân y Việt Nam có thêm tên mới là Trường Đại học Y - Dược Lê Hữu Trác để sử dụng trong giao dịch dân sự và hợp tác quốc tế về đào tạo, nghiên cứu và điều trị. Viện bỏng quốc gia mang tên Lê Hữu Trác cũng thuộc Học viện Quân y.
